一部例外を除き、総務省で定めている「都道府県コード及び市区町村コード」の順に並んでいます。

※地域詳細で「●●市をすべて選択する」などの複数の市区町村をまとめて選択できるボタンがある場合は、
　そのボタンで選択できる市区町村を並べて表示するよう、並び順を調整をしている場合があります。

▼総務省　全国地方公共団体コードについて
http://www.soumu.go.jp/denshijiti/code.html